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製品概要
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リコンビナントTn5トランスポゼースおよびpA-Tn5トランスポゼースは、ATAC-Seq, CUT&Tagアッセイ、タグメンテーション、ChIPmentationなど多くのアプリケーションで活用されています。
96ウェルプレートタイプのPre-indexed Assembled Tn5 Transposomes
Tn5は、Pre-indexed Assembled Tn5 Transposomesとして96ウェルフォーマットでも提供しています。ATAC-Seqアッセイのハイスループット化に対応するため、8ウェルごとに切り離せる96ウェルプレートを用いた自由度の高いフォーマット設計になっています。各ウェルには、固有のi5およびi7インデックスを含むアダプターをロードしたトランスポソームが分注されているため、タグメンテーションの際に直接インデックスを付加します。それにより、これまで手間となっていたプライマーの分注操作や組み合わせ確認などが省略でき、多数のATAC-Seq反応を簡単に行えます。なお、ATAC-Seq Buffer Setは、Pre-indexed Assembled Tn5 Transposomesを用いた96回のATAC反応に使用する便利なバッファーセットです。
pA-Tn5 TransposaseとCUT&Tag-IT Assay Buffer Setについて
pA-Tn5は、自由にアダプターを設計してアセンブルする10µg (Cat. No. 53161) と100µg (Cat. No. 53162)の2種類のunloadタイプか、CUT&Tag-IT Assembled pA-Tn5 Transposomesのように既にアダプターがロードされ、16回分または64回分のCUT&Tag反応に対応可能なタイプのいずれかで使用することができます。 CUT&Tag-IT Assay Kit Anti-Rabbit (Cat. No. 53160) または Anti-Mouse (Cat. No. 53165) のプロトコールに従い、CUT&Tag-IT Assay Buffer Set-Cells (Cat. No. 53169) を使用することで、Assembled pA-Tn5 TranseposomesをCUT&Tag反応に使用できます。 CUT&Tag-IT Assay Buffer Set-Cellsは、16回分のCUT&Tag反応に対応しています。
Tn5の概要
Recombinant Tn5 TransposaseはロットごとにSDS-PAGEによるQCテストを実施しており、分子量が約55kDaかつ純度90%以上であることを確認しています (Fig.1) 。また、K562細胞由来のゲノムDNAに対してタグメンテーション試験 (Fig.2) を行い、Agilent TapeStationを用いて解析しています。DNAの大部分が200～400 bpで観察され、サンプルの平均強度が1000を超えることを確認しています。分析データはこちら。
Recombinant Tn5 Transposaseは、ATAC-Seq Assay Kitsの構成品(Assembled Transposomes) およびATAC-Seq 受託サービスで使用しています。
pA-Tn5の概要
Recombinant pA-Tn5 TransposaseはロットごとにSDS-PAGEによるQCテストを実施しており、分子量が約73kDaかつ純度90%以上であることを確認しています (Fig.3) 。また、K562細胞由来のゲノムDNAに対してタグメンテーション試験 (Fig.4) を行い、Agilent TapeStationを用いて解析しています。DNAの大部分が200～400 bpで観察され、サンプルの平均強度が1000を超えることを確認しています。分析データはこちら。
Recombinant pA-Tn5 Transposaseは、 CUT&Tag-IT® Assay Kitsの構成品 (CUT&Tag-IT Assembled pA-Tn5 Transposomes) およびCUT&Tag-ITTM 受託サービスで使用しています。
Pre-indexed Assembled Tn5 Transposomesの概要
Pre-indexed Assembled Tn5 Transposomesを用いて最大96回のATAC-Seq反応を簡単に実施できます。
Pre-indexed Assembled Tn5 Transposomesは追加の分注ステップを必要とせず、1ウェルあたり50,000～100,000個の細胞を加え、Tagmentation Master Mixとともに30分間インキュベートするだけです。
インキュベーション中のタグメンテーション反応により各組のインデックスがDNAに直接組み込まれます。各ウェルには、i5とi7インデックスプライマーがユニークな組み合わせで含まれているため、プライマーの分注操作や組み合わせ確認などの手間が省略でき、多数のATAC-Seq反応を簡単に行えます。
その後、反応を停止し、タグメンテーションでインデックスが挿入されたDNAを、SPRIビーズを用いて精製します。このように作製されたライブラリーは、すぐにIllumina® Sequencing Systemで解析可能です。Pre-indexed Assembled Tn5 Transposomesには、PCR増幅に使用するユニバーサルなプライマーが同梱されています。詳細は、プロトコルをダウンロードし、プレートマップをご覧ください。
使用例はこちら
製品内容
Pre-indexed and Assembled Tn5 Transposomes (Cat. No. 53152) includes:
- Pre-indexed and Assembled Tn5 Transposomes, store at -20°C
- P5 Primer (25 µM), store at -20°C
- P7 Primer (25 µM), store at -20°C
ATAC-Seq Buffer Set (Cat. No. 53153) includes:
- ATAC Lysis Buffer, store at RT
- 2X Tagmentation Buffer, store at -20°C
- 1% Digitonin, store at -20°C
CUT&Tag-IT® Assay Buffer Set (Cat. No. 53169) includes:
- Tagmentation Buffer, store at -20°C or 4°C
- Dig-Wash Buffer, store at 4°C
- Dig-300 Buffer, store at 4°C
- Antibody Buffer, store at 4°C
- 1X Binding Buffer, store at 4°C
- 1X Wash Buffer, store at 4°C
製品データ
Recombinant Transposase Enzymes Data
Tn5 SDS-PAGE
Fig.1: Recombinant Tn5 Transposaseタンパク質 (MW 53kDa) の12.5% SDS-PAGE
Tn5 Tagmentation Test
2A
2BFig.2: Recombinant Tn5 Transposaseと反応させたK562細胞由来ゲノムDNAの典型的なタグメンテーションプロファイル
50ngのK562細胞由来ゲノムDNAをTn5 TransposaseとATAC Tagmentation Buffer中で1時間反応させた。AMPureビーズを用いて精製し、Q5ポリメラーゼを用いてPCRを行った。再びAMPureビーズにより精製した後、フラグメントサイズ (2A) とエレクトロフェログラム (2B) をAgilent TapeStationにより解析した。
pA-Tn5 SDS PAGE Gel
Fig.3: Recombinant pA-Tn5 Transposaseタンパク質 (MW 72kDa) の12.5% SDS-PAGE
pA-Tn5 Tagmentation Test
4A
4BFig.4: Recombinant pA-Tn5 Transposaseと反応させたK562細胞由来ゲノムDNAの典型的なタグメンテーションプロファイル
50ngのK562細胞由来ゲノムDNAをpA-Tn5トランスポゼースとTagmentation Buffer中で1時間反応させた。 AMPureビーズを用いて精製し、Q5ポリメラーゼを用いてPCRを行った。再びAMPureビーズにより精製した後、フラグメントサイズ (4A) とエレクトロフェログラム (4B) をAgilent TapeStationにより解析した。
Pre-indexed Assembled Tn5 Transposomes Data
Fig.5: Pre-indexed Assembled Tn5 Transposomesと通常のTn5 Transposaseを用いたATAC-Seq解析の比較
50,000個のK562細胞に対してPre-indexed Assembled Tn5 Transposomes (上段4トラック) またはアクティブ・モティフのATAC-Seq Kitに含まれる通常のTn5 Transposase (最下段トラック) を用いてATAC-Seqを実施した。その結果は、どちらの方法でも同様のデータが得られることが確認された。ブラウザのトラックはChr6:159,668,373-159,821,466を表示している。
Fig.6: i5とi7インデックスプライマーの組み合わせの安定性
50,000個のK562細胞を2組用意し、Pre-indexed Assembled Tn5 Transposomesを用いてATAC-Seqを行った。i5およびi7インデックスプライマーの組み合わせは、安定した結果が得られるように最適化されいる。この図にはデータの一部を示しているが、フィルター処理されたピーク数とFRIPスコアの割合は、すべてのインデックスの組み合わせで一貫していた。
Fig.7: Pre-indexed Assembled Tn5 Transposomesの異なる細胞株に渡る互換性
100,000個の凍結保存したHEK293、K562、HeLa、GM12878細胞に対し、Pre-indexed Assembled Tn5 Transposomeを用いてATAC-Seqアッセイを実施した。その結果、IGVブラウザ画像 (Chr19:41,855,000-41,890,000) に示すように、細胞株ごとに一貫したピーク強度が得られた。
Recombinant Transposase Enzymesの資料
こちらもご参照ください：
| Name | Format | Cat No. | 価格 (税抜) | |
|---|---|---|---|---|
| pA-Tn5 Transposase | 10 µg | 53161 | ¥130,000 | Buy |
| 100 µg | 53162 | Get Quote | ||
| Recombinant Tn5 Transposase protein | 10 µg | 81286 | ¥77,000 | Buy |
| 100 µg | 81284 | Get Quote | ||
| Pre-indexed Assembled Tn5 Transposomes | 1 x 96 rxns | 53152 | ¥244,200 | Buy |
| ATAC-Seq Buffer Set | 1 set | 53153 | ¥111,000 | Buy |
| CUT&Tag-IT® Assay Buffer Set - Cells | 1 set | 53169 | ¥129,500 | Buy |
| CUT&Tag-IT® Assembled pA-Tn5 Transposomes | 16 rxns | 53164 | ¥64,700 | Buy |
| 64 rxns | 53166 | ¥224,000 | Buy |
