CUT&Tag-IT™ Assay Kit

迅速かつ浅いシーケンス深度で実現するヒストンマークおよび転写因子結合のゲノムワイド解析

 

CUT&Tag-IT™ Assay Kitの概要

Cleavage Under Targets and Tagmentation (CUT&Tag)は、ゲノムにおけるヒストン修飾および転写因子の局在を調べるための方法です。これを用いてタンパク質とDNA間の相互作用を明らかにしたり、標的タンパク質のDNA結合部位を同定したりすることができます。

クロマチンアクセシビリティ依存的にオープンクロマチン領域を標的とするMNase-SeqやATAC-Seqと異なり、CUT&Tagは抗体の結合を利用し手法で、ゲノムに結合する特定のヒストン修飾や転写因子などの標的タンパク質に特異的なクロマチン結合情報を明らかにします。

CUT&Tagは、ChIP-Seqと同じ原理に基づいていますが、特定の状況で有利となるようプロトコールにいくつかの変更を加えています。固定したクロマチンをソニケーションして免疫沈降をする代わりに、CUT&Tagでは、新鮮な未固定(非凍結)の細胞をコンカナバリンAビーズに結合させ、ネイティブな状態で細胞と抗体のインキュベーションを行います。抗体の結合に続けて、あらかじめシーケンス用アダプターが導入されたプロテインA結合Tn5トランスポゾーム酵素(pA-Tn5)を用いたタグメンテーション反応により、クロマチン消化とNGSライブラリー調製をワンステップで実行します。

CUT&TagはChIP-Seqよりも少ないサンプルから高品質な結果を迅速に得ることが可能であり、深度の浅いシーケンスで十分な解析を可能とするため時間とコストを抑えることができます。

CUT&Tagの詳細はこちら

CUT&Tag-IT™ Assay Kit Advantages:

  • 最少5,000個の細胞に適用可能
  • 最適化されたプロトコールと試薬をセットにしたキット
  • ヒストンマークおよび、いくつかの転写因子で検証済み
  • ChIP-Seqにおける時間とコストのかかる工程を排除したライブラリー調製
  • 低バックグラウンドが可能にする深度の浅いシーケンシング
  • ホルマリンを使用せずネイティブな標的タンパク質を用いた解析

How the CUT&Tag-IT™ Assay Works

How the Cut&Tag-IT™ Assay Works

CUT&Tag vs. CUT&RUN vs. ChIP-Seq

  CUT&Tag-IT™ Assay Kit CUT&RUN ChIP-Seq
ネイティブ条件で実施? はい はい いいえ
クロマチンの断片化法 Tn5を用いたタグメンテーション MNaseによる消化 ソニケーション
細胞数 5,000-500,000 cells 500,000 cells 1-10 million cells
シーケンス深度 * 2 million reads 8 million reads 20-50 million reads
ライブラリー調製キットの必要性 なし。タグメンテーションを利用 あり。別工程で実施 あり。別工程で実施
適用可能な標的 主なヒストン修飾、いくつかの転写因子およびコファクター 主なヒストン修飾、いくつかの転写因子およびコファクター 幅広いヒストン修飾、転写因子およびコファクター
作業時間 1-2日 1-2日 2-3日

* Kaya-Okur et al. Nature Communications (2019) 10:1930

 

CUT&Tag-IT™ Assay Kitの構成品

The CUT&Tag-IT™ Assay Kitは、温度帯の異なる2つの箱で出荷されます。-20℃保管となる構成品はドライアイスとともに、凍結不可で4℃保管とすべき構成品は室温でのお届けとなります。開封後、すべての試薬等はマニュアルに記載の適切な条件で保管してください。適切に保管された場合、受け取り日から6か月間安定であることを保証します。

含まれる試薬等:

  • 5% Digitonin, store at -20°C
  • Concanavalin A Beads, store at 4°C
  • CUT&Tag-IT™ Assembled pA-Tn5 Transposomes, store at -20°C
  • Tagmentation Buffer, store at -20°C
  • 1X Binding Buffer, store at 4°C
  • 1X Wash buffer, store at 4°C
  • Dig-Wash Buffer, store at 4°C
  • Antibody Buffer, store at 4°C
  • Dig-300 Buffer, store at 4°C
  • Guinea Pig Anti-Rabbit Antibody, store at -20°C
  • Protease Inhibitor Cocktail, store at -20°C
  • 0.5M EDTA, store at RT
  • 10% SDS, store at RT
  • 10 µg/µL Proteinase K, store at -20°C
  • DNA Purification Columns, store at RT
  • DNA Purification Binding Buffer, store at RT
  • DNA Purification Wash Buffer, store at RT
  • DNA Purification Elution Buffer, store at RT
  • 3M Sodium Acetate, store at RT
  • 10 mM DNTPs, store at -20°C
  • 5X Q5 Buffer, store at -20°C
  • Q5 High Fidelity DNA Polymerase (2U/µL), store at -20°C
  • i5 Indexed Primer 1, store at -20°C
  • i5 Indexed Primer 2, store at -20°C
  • i5 Indexed Primer 3, store at -20°C
  • i5 Indexed Primer 4, store at -20°C
  • i7 Indexed Primer 1, store at -20°C
  • i7 Indexed Primer 2, store at -20°C
  • i7 Indexed Primer 3, store at -20°C
  • i7 Indexed Primer 4, store at -20°C
  • SPRI Beads, store at 4°C

CUT&Tag検証済み抗体をご使用ください!

アクティブ・モティフは、ヒストンやヒストン修飾、クロマチンタンパク質の他、多様な因子に対する高品質な抗体を製造しており、CUT&Tagアッセイにおいて良好な結果が得られることを検証した抗体も数多く取り揃えていますのでCUT&Tag検証済み抗体をご確認ください。

 

CUT&Tag-IT™ Assay Kit で得られたデータ

CUT&Tag-IT™ Assay Kit compared with published data(クリックして拡大)

図1:CUT&Tag-IT Assay KitのデータはENCODEのChIP-Seqデータと相関する
ヒト由来K562細胞から得られたヒトゲノム 領域(Chr16: 10,400-11,250)における868 kbにわたるクロマチンのデータ。100,000細胞に対しCUT&Tag-IT Assay Kitを用いて得られたそれぞれのシグナルH3K27me3 (青)、phospho-Pol2Ser2 (赤)、CTCF (オレンジ)、H3K4me3 (緑)、H3K9ac (水色)、H3K9me3 (紫)およびH3K27ac (黒)は、いずれも最低1,000,000細胞が用いられたENCODEのChIP-Seqデータと高い一致を示した。このCUT&Tagアッセイには以下の抗体を使用した:H3K27me3: cat. no 39155, CTCF: cat. no. 61311, H3K4me3: cat. no. 39159, H3K9ac: cat. no. 39917, H3K9me3: cat. no. 39161, H3K27ac: cat. no. 39133

 

 

CUT&Tag-IT™ Assay Kitの資料

 

 

 

Order CUT&Tag-IT™ Assay Kit

 

最良の結果を得るためにCUT&Tag検証済み抗体のご利用をおすすめします。



こちらもご参照ください:

US Pat. No. 10,689,643, EP Pat. No. 2999784 and related patents and applications

 
Name Format Cat No. Price  
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pA-Tn5 Transposase 10 µg 53161 Get Quote