RRBS (Reduced Representation Bisulfite Sequencing)

single base pair resolution DNA methylation analysis

 

RRBS Service の概要

Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
 

Reduced Representation Bisulfite Sequencing(RRBS)は、最大500万個のCpG領域において1塩基対の分解能でDNAメチル化データを取得でき、サンプル間でのメチル化の差も容易に同定することが可能です。 Whole Genome Bisulfite Sequencingよりも費用効果が高く、ビーズアレイベースのDNAメチル化プラットフォームよりも広い範囲のデータを取得できるため、RRBSはサンプル間でDNAメチル化をプロファイリングする理想的なプラットフォームです。

RRBSでは、メチル化非感受性エンドヌクレアーゼであるMsp1とTaq1を用いて、それぞれC^CGGとT^CGGを切断し、末端にCpGを持つDNA断片を生成します。CpGアイランドやプロモーターではCpGの密度が高いため、高頻度で切断が生じ、これらの領域に由来する断片は短くなる傾向があります。この短い断片のサブセットは、PCRでライブラリーを作製する際に優先的に増幅され、さらにシークエンスクラスター作製時にも選択がかかることになります。最終的に配列決定されるDNAは、全ゲノムのごく一部 (~3%程度) ですが、CpGを濃縮したものとなり (ヒトCGIの約80%と、ヒトプロモーターの50%以上)、これらの断片をゲノム上にマッピングすることで、数百万もの個々のCpGのメチル化状態を明らかにします。

RRBS の特長:

  • サンプルあたり、最大500万CpGのメチル化データを取得
  • プロモーターおよびCpGアイランドを含む生物学的に関連性のある標的領域の情報
  • シークエンスの深さは、シングルエンド30,000,000 リード以上
  • DNAの必要量はわずか 100 ng
  • ランダムなバーコードの組み込みによりPCR重複を除去し、ライブラリの偏りを軽減

納品物:

  • FASTQファイル
  • BAMファイル
  • 各CpGのメチル化率データ
  • 差分メチル化解析
  • 図表 (カバレッジ深度分析、相関プロット、パイチャートを含む)

RRBSについての詳細はこちら

RRBS Overview flow chart

What our customers are saying about us

"We worked with Active Motif to process some FFPE and frozen liver samples sourced from 25+year old samples for an RRBS assay. The overall process of submitting samples, communicating with Active Motif, receiving the data, and obtaining the summary was quick and painless. The whole operation was smooth and professionally done."

Brian Chorley, PhD
Environmental Protection Agency
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RRBS Service受託解析サービスのデータ

RRBS data from human samples

Fig. 1: ヒト試料から得られたRRBSによる解析データ

表示された領域は、ゲノムワイドデータセットからの代表的な領域であり、1A : CD19のエクソンと1B : PAX5のイントロンにおけるDNAメチル化の差異を示している。各ブロックは別々のデータポイントで、赤はメチル化されたシトシン、青はメチル化されていない塩基を表す。


RRBS data illustrating sequencing depth coverage for any given CpG

Fig. 2: 任意のCpGにおけるシーケンス深度カバーレッジを示したグラフ

解析に含まれるCpGのシーケンス深度の最小値は10であり、100万以上のCpG部位が少なくとも10リードのカバレッジであることが確認できる。


RRBS data illustrating the correlation between each sample analyzed

Fig. 3: サンプル間の相関を比較したグラフ

右上は2つのサンプルのピアソン相関係数を示す。棒グラフは、各サンプルにおけるメチル化率の分布を示し、解析されたCpG部位の大半はメチル化率が0か100%であった。左下の散布図は、各サンプルの共有CpG部位におけるメチル化レベルを示している。


RRBS data showing the assignment of differentially methylated cytosines to genic features

Fig. 4: 各遺伝子への差異分析によるメチル化シトシンの割合を示す円グラフ

CpG単位でメチル化の差異分析を行い、同定された部位をプロモーターやエクソンなどのアノテーションされた遺伝子の特徴にアライメントした。

 

RRBS Service 使用文献

Search our database of customer publications that have used our RRBS services.


 

 

 

RRBS Service 受託解析サービスの資料

 

 

 

RRBS Service Sample Submissionポータル

オンラインSample Submissionポータルは、解析したいサンプルの情報をアクティブ・モティフの担当者と共有し、依頼者には解析の進捗をご覧いただけるサイトです。 解析を依頼するために必要な連絡先、サンプルの情報、また解析の内容を記載していただきます。記載の方法や、サンプル提出方法について、ご不明な点がありましたら「[email protected]」までご連絡ください。

 

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