CUT&RUN資料集

製品

受託サービス

サポート

はじめに

CUT&RUN（Cleavage Under Targets & Release Using Nuclease）は、様々なクロマチン関連タンパク質とその修飾のゲノムワイドな分布を調べるために用いられるエピジェネティックな手法です1-3。CUT&RUNはクロマチン免疫切断法（ChIC）の派生法です。CUT&RUNは、抗体を用いてクロマチン関連マークやタンパク質をターゲットにする点ではクロマチン免疫沈降法（ChIP）と類似していますが、ChIPよりもサンプル量が少なく、シーケンス深度も少なくて済みます。

CUT&RUNでは、生きた状態の細胞内で、クロマチンに結合した目的のタンパク質が抗体で標識されます。次に、ミクロコッカスヌクレアーゼ(MNase)を用いて、目的のタンパク質の結合部位でDNAを特異的に切断します。放出された断片を精製し、シーケンス後に参照ゲノムにマッピングすることにより標的タンパク質の結合部位が決定できます。ChIPとは異なり、CUT&RUNでは、アーチファクトの原因となりうるDNAとタンパク質の架橋は必要ありません。

CUT&RUNは、ChIPよりも高感度で特異的、かつ少ない細胞数で行えるため、転写因子やヒストン修飾などのクロマチン関連タンパク質の結合パターンをゲノムワイドに同定するのに理想的であり、クロマチン関連タンパク質を研究するための貴重なツールといえます。クロマチン関連タンパク質は、遺伝子発現、DNA複製、DNA修復、細胞分化など様々な細胞内プロセスの制御に重要な役割を果たしているため、これらのタンパク質の結合パターンを理解することにより、それらの細胞プロセスがどのように制御されているかを知ることができます。

References:
1. Schmid, M. et al. Mol Cell, 16(1): 147-157 (2004)
2. Skene, P.J. et al. (2017) Elife 6, e21856
3. Skene, P.J. et al. (2018) Nat. Protoc., 13, 1006-1019

製品

受託サービス

サポート

ウェビナー

eBooks

ブログ

ポッドキャスト

ポスター

使用論文

弊社の製品を使用したCUT&RUNの論文検索はこちら