ATAC-Seq Kit

ゲノムワイドなオープンクロマチン領域解析

 

ATAC-Seq Kitの概要

ATAC-Seqは、オープンな、すなわちアクセシブルなクロマチン領域を同定することにより、ゲノム全体のエピジェネティックな特徴の解析を可能にする迅速なアッセイです。アッセイの速さ、簡便さ、および幅広いサンプルタイプへの適用性から、ATAC-Seqは詳細なエピジェネティクス解析への入り口として一般的に使用されるアッセイとなってきています。

ATAC-Seqアッセイでは、細胞や組織サンプルから得た無傷な核を、高活性改変型Tn5 トランスポゼースと反応させます。このトランスポゼースは、タグメンテーション(tagmentation: tagging & fragmentationから生まれた造語)と呼ばれる過程において、標的DNAに対するシーケンス用アダプターの標識とDNA断片化を同時に行います。

ATAC-Seq Kit

アクティブ・モティフのATAC-Seq Kitは、1反応当たり20~30 mgの組織または50,000~100,000個の細胞から、16回のIllumina®互換ATAC-Seqライブラリー調製に必要な試薬を含んでいます。最適化されたプロトコールにより、サンプル調製、タグメンテーション、およびライブラリー調製が可能で、シングルフローセルシーケンスでマルチプレックス化できる次世代シーケンサー対応ライブラリーを作成することが可能です。

ATAC-Seq Kitのハイライト

  • オープンクロマチン領域のゲノムシーケンスの解明
  • 数時間以内に次世代シーケンサー用ライブラリーを調製
  • 簡便かつ迅速な最適化されたプロトコールと試薬
ATAC-Seqについての詳細はこちら
 

ATAC-Seq Kitの構成品

ATAC-Seq Kitは、-20℃および4℃で保管する2種類の温度帯の構成品を含み、それぞれドライアイス上および室温で出荷されます。すべての試薬は適切に保管した場合、受け取り日から6か月間安定であることを保証します。

Reagents included:

  • ATAC Lysis Buffer, store at RT
  • Assembled Transposomes, store at -20°C
  • 2X Tagmentation Buffer, store at -20°C
  • 1X PBS, store at -20°C or RT
  • 10X PBS, store at RT
  • 10% Tween 20, store at RT
  • 0.5% Digitonin, store at RT
  • DNA Purification Columns, store at RT
  • DNA Purification Binding Buffer, store at RT
  • DNA Purification Wash Buffer, store at RT
  • DNA Purification Elution Buffer, store at RT
  • 3 M Sodium Acetate, store at RT
  • 10 mM dNTPs, store at -20°C
  • 5X Q5 Buffer, store at -20°C
  • Q5 High-Fidelity DNA Polymerase, store at -20°C
  • i7 Indexed Primer 1, store at -20°C
  • i7 Indexed Primer 2, store at -20°C
  • i7 Indexed Primer 3, store at -20°C
  • i7 Indexed Primer 4, store at -20°C
  • i5 Indexed Primer 1, store at -20°C
  • i5 Indexed Primer 2, store at -20°C
  • i5 Indexed Primer 3, store at -20°C
  • i5 Indexed Primer 4, store at -20°C
  • SPRI Beads, store at 4°C
 

ATAC-Seq Kitのデータ

このキットはATAC-Seqを16回実施するのに必要な試薬と酵素を含みます。キットの構成品は効果的に作用するよう最適化され、高品質のATAC-Seqのデータが得られることが検証されています。

プロモーター部位におけるオープンクロマチンの解明

転写活性の高い遺伝子のプロモーター領域において、クロマチンは一般に開いています。ATAC-Seqアッセイは、これらの位置にピークを見出し、調べているサンプル中のオープンクロマチン領域を明らかにします。

ATAC-Seq Kit Genome Browser

図1:ATAC-Seq Kitを用いた実験結果を示したゲノムブラウザーの画面。マウスの脳組織サンプルにおけるゲノムワイドなオープンクロマチン状態の評価にATAC-Seq Kitを使用した。ゲノムブラウザーの各トラックは、分裂後ニューロンのマーカータンパク質FOXP3をコードするFoxp3遺伝子の位置を示す。ピークはFoxp3遺伝子のプロモーターにおけるオープンクロマチンを示す。

キットを用いた結果は公開されたデータと相関する

アクティブ・モティフのATAC-Seq Kitを用いると高品質のデータが得られます。このATAC-Seq Kitを用いて行われた実験のデータは、公開されているATAC-Seqのデータと非常によく相関します。このことは、このアッセイが安定であり、かつ再現性があること裏付けています。

ATAC-Seq RKPM Data

図2: ATAC-Seq Kitを用いたライブラリーと公開されたATAC-Seqデータの相関。ここでは、公開されたATAC-Seqデータ(Buenrostro, J. D. et al. (2013) Nat. Methods 10: 1213-1218)で読まれたピークのRPKM値と、このキットを利用して生成されたGM12878細胞のデータの相関を示している。その相関係数は0.94であり、密接な相関を示している。

 

ATAC-Seq Kit FAQs

Is this kit the same as the original Buenrostro et al Nature 2013 paper?

This kit is based off a combination of the original Buenrostro paper and the Corces et al Nature 2017 paper, and we have optimized the buffers for a more robust and efficient assay.

What is the source of the recombinant Tn5 enzyme in this kit?

The recombinant Tn5 enzyme in this kit is a hyperactive mutant that we cloned, expressed, purified, and test in-house. The Assembled Transposomes containing this enzyme are provided pre-loaded with the next-gen sequencing adapters, so it is ready-to-use without any optimization or other preparation required.

What is the minimum number of cells or tissue per reaction?

50,000 cells or 20 mg tissue.

Can frozen tissue and cells be used?

Yes, but the samples must be high quality to preserve viability. Cells should be cryopreserved in a controlled-rate freeze with media formulated to protect against ice crystal formation and subsequent cell damage, and tissue should be flash frozen at -80°C.

Can nuclei be frozen for later use in ATAC-Seq?

Yes, extracted nuclei can be cryopreserved and frozen at -80°C for later use. Nuclei can also be pooled together to increase the sample size.

Can FACS-sorted cells be used?

It is possible, but cells could be damaged during the FACS-sorting process. For good ATAC-Seq libraries, cells must be viable.

Do you have a recommendation for a 40 micron mesh strainer for tissue samples?

Yes, we recommend the Falcon 40 micron cell strainer (Falcon catalog no. 352340).

Is DNase treatment recommended for all samples?

DNase treatment can help in certain situations such as mitochondrial DNA depletion, or if there are 15% dead cells in the sample, but it can end up removing cells you want data from if the cells aren’t healthy and able to exclude the enzyme. It’s only recommended as an option when cells are viable and won’t also be digested by the enzyme.

I don’t have a thermomixer. Can I still use the kit?

Using a thermomixer is recommended. However, we have tested this and incubated the tagmentation reaction without the use of a mixer at 37°C in a thermal cycler with a heated lid and the reaction was successful.

Can all the reagents and kit components, including master mixes and enzymes, thaw out and be prepared at room temperature?

Everything except the Assembled Transposomes and Q5 DNA polymerase can be thawed at room temperature. The Assembled Transposomes and Q5 DNA Polymerase are formulated with glycerol and will not need thawing, just put these on ice. The other components can be frozen again and thawed again for future reactions, so not all 16 reactions need to be done simultaneously.

What is the expected final library size, and what should the library traces look like on a fragment analyzer?

ATAC-Seq Kit Library Traces

(Click image to enlarge size)

Library fragments should range from around 250 bp to 1000 bp in length with an oscillation period ~150 bp.

How many sequencing reads are needed per sample?

Typically 20M reads.


 

ATAC-Seq Kitの資料

 

 

 

ATAC-Seq Kitの購入

 



こちらもご参照ください:

 
Name Format Cat No. Price  
ATAC-Seq Kit 16 rxns 53150 ¥222,000 Buy