PIXUL™ 96ウェル対応ソニケーター

 

PIXUL Multi-Sample Sonicatorの概要

ChIP-Seq、RNA-Seq、RIP-Seq、エクソームシーケンス、および全ゲノムシーケンスなどの次世代シーケンサーを使用する実験では、ショートリードシーケンスのプラットフォームに互換性のある精密なサンプルの断片化(200-600 bp)が求められます。ソニケーションによる物理的な断片化は、酵素法に比べて切断部位に偏りがなく、比較的狭い断片化プロファイルを持つという特性からより好ましいと考えられます。

しかし、現在利用可能な超音波破砕装置のほとんどは、ハイスループットなサンプル処理法との相性が悪かったり、高価な専用プレートやチューブを必要としたりします。PIXULは、シンプルな操作性と低ランニングコストでありながら、最大96サンプルを並列処理可能なマルチサンプルソニケーターであり、極めてばらつきの少ない断片化を実現した世界初にして他に例のない唯一の製品です。

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PIXUL Multi-sample Sonicator

PIXUL Multi-Sample Sonicatorのハイライト

  • 1-96サンプルを並列処理することで、NGSアプリケーションにおけるサンプルの断片化のボトルネックを回避
  • 最大12種類の処理条件を1枚の96ウェルプレートで実行可能なため、処理法の異なるサンプルの一括処理や条件検討を必要とする困難なサンプルの最適化を迅速に実行可能
  • 精製サンプル、細胞または組織からのクロマチン、DNA、RNA、およびタンパク質に対応
  • 低価格な消耗品により処理コストを低減
  • Coupling Fluid を15分間冷却するだけで煩わしいウォーターバスの脱気は不要

PIXUL™ Multi-Sample Sonicatorで先進のソニケーション

極めてばらつきの少ない断片化を提供し、最大96サンプルを並列処理可能でありながら迅速かつ低コストを実現した世界初そして唯一の多サンプルソニケーターPIXUL™についてもっと知るために、このショートムービーをご覧ください(日本語字幕選択可)。

手頃な運用コストで卓越した再現性を実現

他のプラットフォームによるハイスループットな超音波破砕は、現在のところ高額な消耗品(専用チューブ、プレート、試薬)を必要とします。しかし、PIXUL Multi-Sample Sonicatorで使用されている低価格の丸底プレートは、そのまま細胞培養と断片化処理に使用可能なため、不便でサンプルのロスにもつながる細胞の移し替えが不要です。さらに、PIXULで使用されているCoupling Fluidは、面倒な脱気が不要となっており、約15分間で充分に冷却されるためすぐにソニケーションを行えます。サンプルの種類や用途にもよりますが、最大96サンプルまでのソニケーション処理が、わずか10~30分で完了します。

Comparison of Pricing, Throughput, and Workflow Preparation Time for PIXUL and Competitor Sonication Systems

PIXULに寄せられたユーザーの声:

"When I used the PIXUL Multi-Sample Sonicator at The London BioFoundry, I found that it was very easy to use and maintain. I have confidence in PIXUL’s ability to perform reproducible sonication and I envision the successful application of the PIXUL system towards our ongoing synthetic biology applications."

Dr. Richard Kelwick
Research Associate
Dept. Infectious Disease
Section of Structural and Synthetic Biology
Imperial College London

"I used the PIXUL Multi-Sample Sonicator in my experiments and I was impressed by its ease of use, efficacy, and reproducibility."

Dr. Matthew Haines
Research Associate
Dept. Infectious Disease
Section of Structural and Synthetic Biology
Imperial College London

   
 

PIXUL Multi-Sample Sonicatorのデータ

極めてばらつきの少ないゲノムDNAの断片化

ゲノムDNAをばらつきなく、適切な大きさに断片化して実用的なNGSライブラリーに変換することは、高品質で比較可能な次世代シーケエンシングデータを得るために不可欠です。プローブソニケータを用いた手作業による断片化、あるいは、ばらつきの大きなハイスループットソニケータを用いた断片化は、サンプル間の結果にブレを生じる原因となります。

PIXUL Multi-Sample Sonicatorのばらつきを調べるためするために、PIXUL 96-well Plate (Cat. No. 53139)の全96ウェルに精製したゲノムDNAを分注して処理しました。そしてソニケーションのばらつきと効率について断片化プロファイルを調べました。その結果、プレート全域にわたりばらつきの少ない平均フラグメント長および標準偏差が得られました。

DNA Shearing Consistency with the PIXUL Instrument

図1: PIXUL Multi-Sample Sonicatorは、ばらつきなく精製ゲノムDNAサンプルをソニケーションします。「PIXUL 96-well Plate」の各ウェルに10 µgのサケ精子DNAを分注しました。サンプルを36分間処理し、アガロースゲルで泳動して断片化プロファイルを調べました。平均断片サイズは307±35 bpでした。Nucleic Acids Res. 2019 Jul 9; 47(12):e69.

PIXULは競合C社よりもばらつきの少ないクロマチン断片化を提供

ChIP-Seqでは、断片が相対的に短く、ばらつきの少ない断片化プロファイルを得られた方が、転写因子の結合部位やヒストンの修飾位置の分解能が改善するため、そのようなプロファイルを持つことが望ましいと考えられます。

競合他社のマルチサンプルソニケーターとの間でクロマチン断片化ののばらつきを評価するために、PIXULで行ったクロマチンの断片化を、競合 C社のソニケーションシステムと比較しました。その結果、PIXULは競合C社のシステムよりもクロマチン断片化のばらつきが少ないことが示されました。

Chromatin Shearing Consistency with the PIXUL Compared to Competitor C

図2: PIXUL Muti-Sample Sonicatorは、クロマチンをばらつきなくソニケーションし、最適な断片化プロファイルを提供します。PIXUL 96-well Plateまたは競合C社の専用プレートにそれぞれ200,000個のHCT116細胞を導入して断片化し、アガロース電気泳動を実施して断片化プロファイルを調べました。PIXULのサンプルはより狭いサイズ分布を示し、プレート全域にわたりばらつきが低く抑えられました。Nucleic Acids Res. 2019 Jul 9; 47(12):e69.

PIXULは競合D社よりもばらつきの少ない結果と高効率のクロマチン回収を実現

ChIP-Seqは、ソニケーション効率の低さやそこで起こるサンプル損失のため、歴史的に何百万もの細胞からのクロマチン調製を必要としてきました。ChIP-Seqの技術が進歩するにつれて、ソニケーションおよびクロマチン回収の効率を最大化することにより、必要な細胞数は減少しています。

「PIXUL 96-well Plate」は、細胞培養、固定、超音波処理ステップに適合するため、培養プレートからソニケーション用プレートへサンプルを移し替える必要がありません。これにより、サンプル損失のリスクがありません。競合他社Dと比較して、PIXULは、ソニケーション後のクロマチン断片のより狭いサイズ分布、並びに、より高いクロマチン回収効率を示します。

Chromatin Shearing is More Consistent with PIXUL than Competitor D

図3: PIXUL Multi-Sample Sonicatorは、クロマチンを常に最適な断片化プロファイルとなるようソニケーションします。HEK 293細胞を、「PIXUL 96-well Plate」の各ウェルに播種して培養し、固定したのち、サンプルを移すことなく同じプレートでクロマチン断片化を実施しました。競合D社の断片はばらつきが大きくなっています。Nucleic Acids Res. 2019 Jul 9; 47(12):e69.

PIXULは競合C社と同等のエクソームシークエンシングの結果を数分の1のコストで提供

最初のステップでDNA断片化を必要とするエクソームシークエンシング実験において、PIXUL を 競合C社の製品と比較しました。サンプルとして500 ngのインプットDNAをPIXULまたは競合C社のいずれかで断片化してライブラリを構築し、濃縮した後、シーケンスを行いました。シーケンシングの各種指標を解析した結果、PIXULは、消耗品についてわずか数分の1のサンプル調製コストで競合C社の装置と同等のエクソームライブラリを生成できることを示しました。

Exome Sequencing Metrics from PIXUL and Competitor C

図4:PIXUL と競合C社のソニケーションシステムを用いて500 ngのゲノムDNAを処理し、エクソームシーケンスライブラリーを作製しました。NGSの指標はこれらのライブラリーが同等であることを示しています。Nucleic Acids Res. 2019 Jul 9; 47(12):e69.

David Gorkin博士、PIXUL™について語る

カリフォルニア大学サンディエゴ校のエピゲノミクス研究センターでAssociate Director of Epigenomicsを務めるDavid Gorkin博士が、PIXUL Multi-sample Sonicatorのデモを行ったときの体験について紹介し、他のソニケーターと比較した場合の利点について説明します(日本語字幕選択可)。

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PIXUL Multi-Sample Sonicatorの保管と構成

PIXUL Multi-Sample Sonicatorは常温で出荷されますが15~25℃(結露しない湿度85%以下)の環境でご使用ください。

各装置には下記の構成品が含まれます:

  • PIXUL装置
  • 電源コード
  • ドレーンホース
 

PIXUL Multi-Sample Sonicatorの資料

 


 

Order PIXUL Multi-sample Sonicator

 



こちらもご参照ください:

PIXUL™ is sold under an exclusive license to patents owned by Matchstick Technologies Inc. and University of Washington, specifically Matula, T.J.; Bomsztyk, K.; Darlington, G.P., Maxwell, A.D.; MacConaghy, B.E., Reed, J. “Ultrasound system for shearing cellular material”. US Patent US10809166. European Patent EP3169451.

 

 
Name Format Cat No. Price  
PIXUL™ Multi-Sample Sonicator 1 unit 53130 Get Quote
PIXUL™ gDNA Shearing Kit 1 x 96 rxns 53131 ¥70,000 Buy
PIXUL™ Chromatin Shearing Kit 1 x 96 rxns 53132 ¥40,000 Buy
PIXUL™ Chromatin Input Preparation Kit 96 rxns 53134 ¥40,000 Buy
PIXUL™ Coupling Fluid 1 L 53136 ¥30,000 Buy
PIXUL™ 96-well Plate with Sealer 1 unit 53139 ¥3,500 Buy