ChIPアッセイ

ChIPをより簡単に、より成功へと導く革新的な製品

クロマチン免疫沈降(ChIP)アッセイは、DNA結合タンパク質および補因子と、クロマチンとの会合、ならびにゲノム内のエピジェネティックな翻訳後修飾を伴うヒストンの局在を調べるためのゴールドスタンダードな手法となっている。

しかし、サンプルの種類やタンパク質の標的が異なる場合、最良の結果を得るためには異なるプロトコールが必要となります。アクティブ・モティフは、2003年に最初のChIPキットを発売して以来、革新を続けてきました。現在では、ChIPアッセイの成功を確実なものとするためのキット、抗体、および関連製品を包括的に提供しています。

結果のばらつくソニケーションでは意味がありません。ChIPアッセイの最初のステップとして、最良のソニケーターを使用しましょう。

当社のChIP検証済み抗体は、専門のエピジェネティック解析受託サービスチームが社内で精査し、ChIPに適用できることを保証しています。

 

クロマチン免疫沈降法とは?

クロマチン免疫沈降法は、クロマチンの特定の状態を細胞内の個々の遺伝子座と結びつけ、遺伝子がどのように調節されているかを理解し、ヒストンコードを解読するために用いられます。クロマチン免疫沈降法は、酵母におけるヒストンのアセチル化状態および転写の遺伝子抑制との関連を研究した1993年の論文(Genes & Dev. 1993 7:592-604)において、James Broachのグループによって最初に記述されました。この技術は、Richard Treismanのグループにより初めて哺乳類細胞に使用され、1998年に発表されました(Cell 1998 92:475-87) 。クロマチン免疫沈降法の基本は、細胞をホルムアルデヒド処理することによりDNAをクロマチンタンパク質に固定してからクロマチンを抽出し、それを適切な長さに断片化、そしてクロマチンタンパク質あるいは、クロマチンタンパク質の修飾に特異的な抗体を用いた免疫沈降により目的のクロマチン断片を濃縮することです。当初、回収されたクロマチンは、ニトロセルロースに固定化し、対象となる遺伝子座に相補的な標識DNAをプローブとして解析されていました。しかし、この技術の感度はとても低かったため、すぐにPCRに基づく検出法が開発されました。当時は、増幅させた断片を可視化するためにエンドポイントPCRと電気泳動が行われました。エンドポイントPCRの欠点は、標的配列の指数関数的な増幅がPCRサイクルの狭い範囲内で起こる傾向があり、その後、非効率的な増幅となって最終的に増幅しなくなることです。エンドポイントPCRは、どのくらいのサイクル数が最適な増幅をもたらすかを導き出せず、定量性に欠けました。そのため、RT-qPCRは、遺伝子特異的なクロマチン免疫沈降法において、おそらく最も広く利用される信頼性の高い手法です。この技術のさらなる発展型には、回収されたDNAをプローブとしたマイクロアレイが含まれ、場合によっては感度を向上させるために全ゲノム増幅が行われました。ChIPを行ったDNAを検出するための最新かつ現実的に最も強力な検出法は、回収されたDNAを直接シーケンシングする手法であり、ChIP-Seqと呼ばれます。アクティブ・モティフのChIP-IT® Express Kitは、ChIP-Seqに適しており、ユーザーはChIP反応から次世代シーケンサーのプラットホームに簡単に移行できます。


エピジェネティクス研究におけるクロマチン免疫沈降法の中心的な役割

ChIPは、ゲノム中の個々の遺伝子座にエピジェネティックな目印をマッピングするための主要な技術です。エピジェネティクス研究者のように、ヒストンの修飾と遺伝子発現との関係、または転写因子などの非ヒストンタンパク質のクロマチンへの結合、あるいはその結合が遺伝子発現に与える影響との関係を決定する際には、クロマチンを特異的な抗体を用いて免疫沈降させて、どの遺伝子座が濃縮されるかを決定する必要があります。クロマチン免疫沈降はまた、技術的にも難しい手法であり、様々な要素が失敗の原因となりえます。そのため、この手法に熟練していない研究者がこのアッセイを行うためには、よく検証された適切なキットを使用する必要があります。

アクティブ・モティフは、ChIP-IT® Kitの開発において最適化された試薬およびプロトコールを作り上げ、市場において最も高感度なChIPキットを生み出しました。ChIP-IT® Express Kitは、単独のクロマチン免疫沈降キットに必要とされるすべての試薬類を提供することにより、ChIPをより迅速かつより安定したものにしており、実際に多くの研究で利用されています。ChIP-IT® Expressクロマチン免疫沈降キットは、プロテインGでコーティングされた磁気ビーズを利用するため、従来のクロマチンIPよりも大幅に改良されており、わずか1日でChIPを実施することができます。一方、転写因子などの存在量の少ないタンパク質の検出に究極の感度を求めている研究者にとって、アクティブ・モティフのChIP-IT High Sensitivity® Kitは最適なソリューションです。 ChIP-IT High Sensitivity® Kitは、存在量の少ないタンパク質や結合親和性の低い抗体を用いた実験に加え、1回のChIP反応あたりわずか1,000個の細胞を用いた実験においても成功例があるため、サンプル量の限られた実験での利用にも理想的です。


アクティブ・モティフのChIP-IT® Expressプラットホームの主な利点

ChIP-IT® Expressは、免疫沈降効率の向上したプロテインG結合磁気ビーズを利用することで、クロマチン免疫沈降の有用性を劇的に拡張する新しいキットです。アクティブ・モティフではその他、96サンプルのクロマチン免疫沈降反応を同時に処理可能なChIP-IT® Express HT、連続してクロマチン免疫沈降を実施するためのRe-ChIP-IT®、エピジェネティックな過程における非コードRNAの関与を研究するためのRNA ChIP-IT®、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織サンプルを用いてDNA-タンパク質相互作用を研究するためのChIP-IT® FFPE II、ならびに末梢血単核細胞(PBMC)からのクロマチン抽出とChIPを可能にするChIP-IT® PBMCなど用途に応じたキットをご用意しています。

ヒストン、ヒストン修飾、転写因子あるいはクロマチン結合タンパク質など、いずれの研究にもChIP-IT®およびChIP-IT® Expressクロマチン免疫沈降キットシリーズは良好な結果を得るための最適なキットです。