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Diversi-Phi Indexed PhiXの概要
関連製品：
- CUT&Tag-IT® Express Assay Kit: ヒストン修飾のゲノムワイドなプロファイリングにおいてばらつきの低減とスループットの向上
- ChIC/CUT&RUN Assay Kit: 5,000～500,000個の細胞を用いたゲノムワイドなクロマチン関連タンパク質のプロファイリング
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- ChIP-IT High Sensitivity®: 少ないサンプル量、低発現標的タンパク質のChIP
インデックスの塩基多様性を高めることにより、Illuminaプラットフォームにおけるシーケンス精度とクラスターの同定精度が向上します。これは、特に複雑度の低いライブラリーにおいてヌクレオチドの多様性を高め、シーケンス品質をモニターするための技術的な基準として機能します。
Diversi-Phi Indexed PhiXは、8塩基対×8塩基対のインデックス(64通り)をすべて混合した、未変性の二本鎖DNA PhiXライブラリーです。10 mM Tris (pH 8.0)溶液中に10 nMolの濃度で提供されます。Diversi-Phi Indexed PhiXはデュアルインデックス方式を採用しているため、Read 1、Index 1、Index 2、Read 2の組み合わせが多様化されます。
インデックス配列は十分なハミング距離を持つよう設計されており、1～2塩基の読み取りエラーが発生しても別のインデックスとして誤認識されないようになっています。このような塩基バランスとハミング距離を考慮したインデックス設計には、以下の利点があります：
- サンプルの誤割り当ての防止：シーケンスエラーに起因するバーコード読み取りの誤りを検出・補正できるため、サンプルが誤って別のサンプルとして分類されることをデマルチプレックス時に防げます。
- エラー耐性の向上：十分なハミング距離の確保により、1塩基のシーケンスエラーであれば高い信頼性で補正することができます。
- クロストークの低減：サンプル識別の誤り低減により、データ品質の向上に貢献します。
Illuminaシーケンスの実行にDiversi-Phi Indexed PhiXを組み込むことにより、マルチプレックスサンプルから正確かつ信頼性の高いシーケンス結果が得られるようになります。
主な特長
- すぐに使用可能: 10 nMの二本鎖DNAライブラリーとして、Trisバッファー中に調製済みの状態で提供
- Dual-Indexed Barcodes: Illumina社のシステムに対応したデュアルインデックス配列を採用しており、正確なデマルチプレックスを可能にし、インデックスホッピングを最小限に抑えます。
- 高い塩基多様性: 8×8 bpのインデックスの全組み合わせを含み、さらにアダプターダイマーを含まないため、塩基多様性の低いシーケンスランに添加する用途に適しています。
シーケンスにおいて塩基多様性が重要な理由
シーケンスの多様性(sequencing diversity、または nucleotide diversity)とは、シーケンスランの各サイクルにおいて検出されるA、G、C、Tの割合を指します。各塩基は、それぞれ異なる蛍光シグナル(シーケンサーの検出方式により異なる色、または色の組み合わせ)として読み取られます。そのため、特定の塩基に偏りすぎると、塩基の識別精度が低下し、場合によっては正確な検出ができなくなることがあります。Diversi-Phi Indexed PhiXをライブラリーに添加することで塩基多様性を高め、シーケンス時の検出エラーを防ぐことができます。
使用ガイドライン：
シーケンス条件の推奨：
- 一般的な塩基多様性を有するライブラリープール(ATAC、CUT&Tag、CUT&RUN、ChIP-Seq)では2～5％の添加を推奨します。
- ライブラリープールの希釈計算を簡単に行えるlibrary pool dilution calculatorをダウンロードいただけます。
Diversi-Phi Indexed PhiXの構成品
Diversi-Phi Indexed PhiX, store at -20°C
Diversi-Phi Indexed PhiXの資料
こちらもご参照ください：
| Name | Format | Cat No. | 価格 (税抜) | |
|---|---|---|---|---|
| Diversi-Phi Indexed PhiX | 1 vial | 53225 | ¥23,000 | Buy |
