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scRNA-Seqの概要
Single-Cell RNA-Seq (scRNA-Seq) は、シングルセルレベルでのトランスクリプトーム解析を可能にします。 単一細胞の解像度でトランスクリプトームプロファイルを理解することは、異種集団における遺伝子発現の多様性とその機能解析に役立ちます。
scRNA-Seqを使う利点
scRNA-Seqを使用すると、複雑なサンプル内で遺伝子発現パターンが異なる細胞亜集団を特定できるため、サンプル処理によって遺伝子発現パターンを変える可能性のあるFACSや磁気ソーティングなどの分離戦略が不要になります。
例えば：
- 薬物治療への反応に関与する新規細胞亜集団の特定（レスポンダー対耐性細胞）
- 発生ステージにおける遺伝子発現変化 (例えば、脳の発達、Tヘルパー細胞の発達、B細胞の分化に伴う細胞亜集団の特定）
アクティブ・モティフの ”end-to-end” scRNA-Seq 受託サービスの内容
- 細胞の調製
- 10X Genomics Chromiumを使ったサンプル処理
- ライブラリー作成
- 次世代シーケンス
- バイオインフォマティクス解析
scRNA-Seqのデータ
(Click image to enlarge)図1: 単一サンプルにおける固有の細胞亜集団の特定
ヒトPBMCから生成されたシングルセルRNA-Seqデータ。 UMAPプロット上の色分けされた各クラスターは、同じ遺伝子発現プロファイルを持つ細胞の集団を表している。 20のクラスターが特定された。
(Click image to enlarge)図2: クラスター毎に異なる遺伝子発現ヒートマップ
クラスター間で発現が異なる遺伝子をヒートマップで表示した例。
scRNA-Seq受託サービスFAQ
Single-cell RNA-Seq とは？
Single-Cell RNA-Seq (scRNA-Seq) は、シングルセルレベルでの遺伝子発現を解析します。
scRNA-Seq と、一般的なRNA-seqとの違いは？
一般的なRNA-Seqは、条件の違うサンプル間の遺伝子発現の違いを解析します。一方、scRNA-Seqでは、細胞のタイプ間での遺伝子発現や、細胞タイプを同定することが可能です。そのため、scRNA-Seqは、従来のバルクRNA-Seqに比べて多くのデータを得ることが可能です。
受託サービスは、ヒトのサンプル以外も可能ですか？
現在は、ヒトとマウスのサンプルに対応しています。
受託サービスは、組織サンプルも可能ですか？
いいえ。現状では、シングルセル化した細胞（接着、浮遊）に対応しています。
scRNA-Seqは、FFPEサンプルも可能ですか？
いいえ。10X Genomicsのプラットフォームでは、FFPEサンプルに対応していません。
scRNA-Seqは、どのくらいの細胞数が必要ですか？
100-200 万細胞をご用意ください。
scRNA-Seqでは、どのくらいのリードで解析しますか？
10X Genomics社の推奨プロトコルに従い、1細胞あたり少なくとも30,000リードペアで解析します。細胞数は5000個を目標とし、3000～7000個の範囲で実施します。
scRNA-Seq受託サービスの関連資料
こちらもご参照ください
| Name | Cat No. | Price | |
|---|---|---|---|
| scRNA-Seq Service | 25096 | Get Quote | |
