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RNA pol II - going, going, paused...
RNAポリメラーゼII （RNA pol II）は、真核生物の持つ転写装置の一つで、DNAを鋳型として、mRNAを合成することが知られています。このRNA pol IIが高度にmRNAの合成（遺伝子発現）を制御することにより、細胞の機能や特性が規定されています。この調節制御機構をより詳細に理解するためには、RNA pol IIが関与する転写の開始、転写の一時停止、活発な伸長反応といった転写過程と、関与する因子の研究が必要です。
アクティブ・モティフでは、RNA pol IIに対する抗体だけでなく、その酵素活性に不可欠なC末端領域（CTD）のリン酸化状態を認識するようなユニークな抗体も取り揃えています。
また、RNA pol IIの機能を解析するもう一つのアプローチとして、転写開始部位の同定、転写開始前複合体（PIC; pre-initiation complex）の形成、転写一時停止、および転写状態などの解析を可能とするChIP-SeqをベースにしTranscriptionPath™という解析サービスを行っています。
抗体リスト
| Product | Application | Format | Cat. No. |
|---|---|---|---|
| AbFlex® RNA Pol II antibody (rAb) | ChIP-Seq, IF, WB | 10 µg | 91152 |
| 100 µg | 91151 | ||
| RNA pol II antibody (mAb) | ChIP, ChIP-Seq, ICC, IF, WB | 50 µl | 39497 |
| 200 µl | 39097 | ||
| RNA pol II antibody (mAb) | WB | 10 µg | 61082 |
| 100 µg | 61081 | ||
| RNA pol II antibody (mAb) | ChIP, ChIP-Seq, ICC, IF, WB | 10 µg | 61668 |
| 100 µg | 61667 | ||
| AbFlex® RNA Pol II CTD phospho Tyr1 antibody (rAb) | ELISA, IF, WB | 10 µg | 91220 |
| 100 µg | 91219 | ||
| RNA Pol II CTD phospho Tyr1 antibody (mAb) | ChIP, IP, WB | 10 µg | 61384 |
| 100 µg | 61383 | ||
| AbFlex® RNA pol II CTD phospho Ser2 antibody (rAb) | ChIP, ChIP-Seq, ELISA, ICC, IF, WB | 10 µg | 91116 |
| 100 µg | 91115 | ||
| RNA pol II CTD phospho Ser2 antibody (mAb) | ChIP, ChIP-Seq, ICC, IF, IP, WB | 10 µg | 61084 |
| 100 µg | 61083 | ||
| RNA pol II CTD phospho Ser2 antibody (mAb) | ICC, IF, WB | 10 µg | 61700 |
| 100 µg | 61699 | ||
| RNA pol II CTD phospho Ser2 antibody (pAb) | IP, WB | 10 µl | 39564 |
| 200 µl | 39563 | ||
| RNA pol II CTD Ser2ph / Ser5ph antibody (mAb) | ChIP, ChIP-Seq, ICC, IF, WB | 10 µg | 61666 |
| 100 µg | 61665 | ||
| RNA Pol II CTD phospho Thr4 antibody (mAb) | ChIP, DB, ICC, IF, IP, WB | 10 µg | 61362 |
| 100 µg | 61361 | ||
| RNA Pol II CTD phospho Thr4 antibody (pAb) | WB | 10 µg | 61308 |
| 100 µg | 61307 | ||
| AbFlex® RNA pol II CTD phospho Ser5 antibody (rAb) | ChIP, ChIP-Seq, ELISA, ICC, IF, WB | 10 µg | 91120 |
| 100 µg | 91119 | ||
| RNA pol II CTD phospho Ser5 antibody (mAb) | ChIP, ChIP-Seq, ICC, IF, IP, WB | 10 µg | 61086 |
| 100 µ | 61085 | ||
| RNA pol II CTD phospho Ser5 antibody (mAb) | ICC, IF, WB | 10 µg | 61702 |
| 100 µg | 61701 | ||
| RNA pol II CTD phospho Ser5 antibody (pAb) | ChIP, ICC, IF, WB | 10 µl | 39234 |
| 100 µl | 39233 | ||
| RNA pol II CTD phospho Ser5 antibody (pAb) | ChIP, ChIP-Seq, WB | 10 µg | 39750 |
| 100 µg | 39749 | ||
| RNA pol II CTD phospho Ser7 antibody (mAb) | ChIP, ChIP-Seq, ICC, IF, IP, WB | 10 µg | 61088 |
| 100 µg | 61087 | ||
| RNA pol II CTD phospho Ser7 antibody (mAb) | ICC, IF, WB | 10 µg | 61704 |
| 100 µg | 61703 |
TranscriptionPath™
TranscriptionPath™はRNAの発現をもとにした遺伝子発現解析法（RNA-Seqやルシフェラーゼアッセイ）とは異なるアプローチで遺伝子発現機構を解析する方法です。TranscriptionPathは、RNA pol IIが結合する遺伝子領域をゲノムワイドに解析するためのクロマチン免疫沈降（ChIP-Seq）をベースとした手法です。この方法は、RNAの半減期の影響を受けずに転写状態を解析することが可能です。また、同時に転写因子の結合状態も併せて観察することで、転写因子の結合と転写状態の変化をより詳細に解析することができます。
- RNA半減期の影響を受けずに転写状態を観察
- 転写の初期（開始数分後）における遺伝子発現変化の測定
- 複数の転写開始点がある遺伝子やアノテーションのない遺伝子の転写開始点の検出
- 転写活性が待機状態にある遺伝子の同定
- 転写因子を標的としたChIPと同時に行い、転写因子と転写状態を関連付けて観察することが可能
TranscriptionPath解析によるRNA pol IIの4つの占有状態
マウス神経芽細胞のクロマチンを用いたTranscriptionPath-Seqを行った結果、４パターンのRNA pol IIの占有状態が観察されました。(A) 一時停止と転写中：転写開始点（TSS）に停止中（大きなピーク）と転写中（遺伝子全域にシグナルが均等に分布）が観察されています。これは転写開始後の早期であることを示しています。(B) 転写中：TSSにピークが見られず、遺伝子全域にシグナルが均等に分布しています。 (C) 一時停止しており転写なし：未処理ではTSSに転写開始複合体がわずかに形成されています(上: Untreated)。このような遺伝子は待機状態となっており転写されません。薬剤処理を行うとTSS領域においてピークが観察され、遺伝子発現が誘導されることを示しています（下: Treated）。(D) 一時停止も転写もなし：このような状態の遺伝子は不活性化状態であることを示しています。
