Express RNA-Seq 受託解析サービス

Express RNA-Seqは、迅速かつ高精度でスケーラブルな遺伝子発現解析を可能にする次世代シーケンス (NGS) ベースのRNAシーケンシング手法です。

本手法では、まずRNAを相補的DNA (cDNA) に変換し、その後タグメンテーションを用いたライブラリ調製を行います。このステップでは、Tn5酵素を用いてcDNAを同時に断片化しながら、同時にシーケンスアダプターを付加します。1回のタグメンテーション反応で行えるため、作業時間を短縮でき、手順も簡略化できることで、ワークフロー全体の効率が向上します。

Express RNA-Seqでは、以下の解析が可能です：

• 遺伝子発現量の定量
• 一部の選択的スプライシングイベントの検出
• 既知転写産物の同定
• 生物学的条件間での差次的遺伝子発現解析

Express RNA-Seqは、高スループットのトランスクリプトーム解析、バイオマーカー探索、比較遺伝子発現解析に適しています。

標準的なIlluminaベースのmRNA-Seqは、ポリアデニル化された転写産物を対象とした解析ワークフローであり、ゲノム全体をカバーすることで、既知および新規の転写アイソフォームやスプライスバリアント、アレル特異的発現の検出が可能です。そのため、包括的なトランスクリプトーム解析に適しています。

一方、Express RNA-Seqは、スピードと効率を重視して最適化された迅速なシーケンス手法です。タグメンテーションを用いたライブラリ調製により、cDNAの断片化とシーケンスアダプターの付加を同時に行うことで、作業時間を短縮します。さらに、PE50などの効率的なペアエンドリード構成を採用することで、短期間で高品質な遺伝子発現データを取得できます。

このように、IlluminaベースのmRNA-Seqが網羅性と深度を重視するのに対し、Express RNA-Seqは迅速性と効率性を重視した解析に適しています。

最短2週間です。具体的な納期については、サンプル輸送のタイミングによって変動することもありますが、2~4週間となります。なお、ご提出いただいたサンプルの品質、希望するシーケンス深度などによって納期がかかる場合がございます。

Express RNA-Seqの検体要件は、精製RNAを提出するか、細胞ペレットまたは組織を提出するかによって異なります。

• 最小提出量：total RNA 500 ng / 哺乳類細胞 25,000～50,000個 / 組織 20 mg
• 推奨提出量：最大1 µgのtotal RNA /哺乳類細胞 50,000～100,000個 / 組織 50 mg

より多くのtotal RNAをご提供いただくことで、ライブラリの複雑度、転写産物の検出感度、およびデータ全体の信頼性が向上する傾向がありますので、表の範囲内で可能な限り多くご提出いただくことを推奨します。なお、ライブラリ調製前に、RIN値およびQubitを含むRNA品質管理 (QC) を実施します。

標準的なmRNA-Seqでは、RIN値7以上を推奨しています。
RIN値が低いサンプルについては、お客様のご了承をいただいた上で解析を行うことも可能です。

はい。凍結細胞ペレットおよび新鮮凍結組織からのRNA抽出が可能です。その他のサンプル種別については、こちらからお問い合わせください。

サンプルを「サンプル調製手順」に従って調製してください。サンプルを送付する際は、別途、ウェブでの解析申し込みやご提出いただく書類などがありますので、必ず日本法人 ([email protected]) までご連絡ください。

通常、1サンプルあたり1,500万〜2,000万リードのシーケンスを行います。このリード数は、遺伝子発現の正確な解析や差次的発現解析に十分な深さです。

ペアエンド50 bp（PE50）は標準的な構成であり、信頼性の高いカバレッジと効率を提供します。
より高解像度の用途には、ペアエンド150 bp（PE150）もオプションとしてご利用いただけます。

Express RNA-Seqのバイオインフォマティクス解析パイプラインには、通常以下の解析が含まれます：

• 生データの品質管理（FastQC）：リードの品質を評価
• アダプターのトリミング：シーケンスアダプターを除去
• リファレンスゲノムへのアラインメント：リードを正確にマッピング
• 遺伝子・転写産物の定量：発現量を測定
• 差次的発現解析：有意な発現変動を示す遺伝子を特定
• Gene Ontology解析（GO解析）：生物学的意義を解釈
• データ可視化：PCAプロット、ヒートマップ、ボルケーノプロット

この包括的な解析パイプラインにより、高品質の解析データ、有用な知見、下流解析や論文掲載に使用できる図表などを提供します。

Express RNA-Seq受託解析サービスで通常提供される納品物には、以下が含まれます：

• 生FASTQファイル：元のシーケンスリード
• アライン済みBAMファイル：リファレンスゲノムにマッピングされたリード
• カウントマトリクス：遺伝子発現量の定量
• 差次的発現テーブル：条件間の比較結果
• QCレポート：シーケンスおよびアラインメントの品質管理指標
• バイオインフォマティクス要約レポート：包括的な解析と結果の解釈

これらの納品物により、下流解析に必要なデータセットが揃います。生データと解析済みデータの両方を受け取ることができるため、さらなる研究や他のオミクス解析との統合にすぐ利用できます。

はい。Express RNA-Seqサービスには、論文掲載用の図も含まれています。

例えば：

• PCAプロット：サンプル間のクラスタリングや分散を可視化
• ボルケーノプロット：差次的発現遺伝子を強調
• ヒートマップ：サンプル間の発現パターンを表示
• パスウェイエンリッチメントプロット：関与する生物学的経路を要約

これらの図はすべて、論文掲載や下流解析に適した形式で作成されており、RNA-Seqの結果をすぐに提示・解釈できる状態で提供されます。

はい。Express RNA-Seqデータは、ChIP-Seq、ATAC-Seq、DNAメチル化データ、CRISPRスクリーニングなど、複数のオミクスデータセットと統合することが可能です。RNA-Seqを他のオミクスデータと統合することで、遺伝子発現制御や生物学的経路に関するメカニズムについて、より深い知見を得ることができます。